Confirmado que melhorou muito em PROD 
Só mudando os índices!
Em ambos os casos eu estava alterando um metadado de texto longo de apenas 3 itens da coleção:
De 1 minuto
Para 15ms
Depois fiz o mesmo, só que para 96 itens e o tempo total, que da última vez tinha sido mais de 45 minutos ficou em menos de 2 min.
A única coisa que fiz foi instalar o plugin “Index WP MySQL For Speed” e pedir para ele criar os índices nas tabelas. O monitoramento foi feito por ele tb.
Essa é uma ação que pode dar muito errado, portanto não esqueçam de fazer backup.
Por aqui, para o Tainacan funcionou bem e para blogs com muitos posts também funciona bem
Espero que ajude outras pessoas também.